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幾乎和消化相關的臟器，及其相關的疾病，都可以在這個科室診療，食管、胃、小腸、大腸、肝、膽及胰腺等等。
負責的疾病主要有這麼幾類：
食管疾病：常見的如食管炎、胃食管反流等，與食管相關的疾病都可以在消化內科進行診療。
胃疾病：急慢性胃炎、消化性潰瘍、消化不良、胃內異物、胃擴張等與胃相關的疾病。
腸道疾病：如急慢性腸炎、十二指腸炎、結腸炎、腸梗阻、慢性闌尾炎、腸結核等等。
肝、膽、胰疾病：如病毒性肝炎、脂肪肝、肝硬化、膽囊炎、膽結石、輕度胰腺炎等。
其他如腹膜及腸系膜疾病等。
對於普通人來說，出現消化不良、腹脹、腹痛、腹瀉、噁心、嘔吐、黑便等消化系統的癥狀，都可以直接在消化內科就診
不過有的時候，一部分的消化系統癥狀不一定都由消化系統疾病引起，要注意鑒別，選對科室。
這些癥狀不在消化內科看
嘔吐伴隨嚴重的眩暈、頭痛
這類噁心、嘔吐的癥狀多為中樞神經性疾病引起顱內壓增高所致，常見於腦部疾病，建議前往神經內科（腦病科）就診。
噁心伴隨眼痛、視物模糊等
青光眼導致的眼壓過高，也會出現噁心、嘔吐的癥狀，通常情況下還會伴有眼痛、眼球堅硬如石、視物模糊、視野缺損等癥狀，應該前往眼科就診。
吐血
胃部大量出血會導致吐血、嘔血，這種癥狀屬於急症，應該先前往急診內科就診，進行對症治療，癥狀好轉后再轉消化內科治療; 此外，吐血時伴隨嗆咳感，應該懷疑是呼吸道出血，應在呼吸內科就診。
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